[Aetae]

Вы каждую итерацию второго each(который проходится по вложенным значениям) перезаписываете целиком Myarray[i], чего вы хотите?
Надо примерно так:

var Myarray={};
$('table tbody tr').each(function(i) {
  Myarray[i]={
    "id": i,
    "valcheck": $(this).find('input:checked').map( function(j) {
      return $(this).val();                         
    }).get().join(',') ,
  }
});