[Nexus]

Igorsrt,

$('a.nav').click(function(e) {
    e.preventDefault();

    $("html, body").animate({
        scrollTop: $('#' + $(this).attr('href').split('#').pop()).offset().top + "px"
    }, {
        duration: 500
    });
});

но почему он не срабатывает на ссылках в слайдере, я же там класс nav тоже добавляю

Возможно слайдер убивает всплытие события.
Как вариант, можете попробовать слайдер инициировать после этого скрипта.