Да просто всё. Файл package.json лежит в папке проекта, сразу в корне. При первом же скачивании любого пакета -
npm install blablabla --save
- во-первых сама создастся папка node_modules, и туда установятся пакеты, и во-вторых, этот пакет впишется в dependencies
Флаг --save - это и есть указание менеджеру прописать его туда, флаг --save-dev - указание прописать в dev-dependencies
Тут всё просто, не надо усложнять и заморачиваться.
Кстати, файл package.json создаётся командой
npm init
- он там задаёт вопросы, трам-пам-пам и готово.
Короче:
1. Выкидываете этот файл
2. Создаёте папку проекта и заходите в неё (mkdir blabla && cd blabla)
3. npm init (и отвечаете на вопросы)
Всё.
И наконец, эти какие-то таблицы стилей - нужно просто скачать zip с Гитхаба и распаковать в нужном месте (ну или git clone ...). К пакетам Node.js (и, соответственно, к npm) этот файл отношения не имеет.