Brick, непонятно, о чем вы просите: ваш пример так и работает, как вы хотите.
<button class="perk_border">But1</button>
<button class="perk_border perk_border_g pr_gr">But2</button>
<button class="perk_border perk_border_y">But3</button>
<div id="clicks"></div>
<script>
B=setInterval(function atak()
{
document.getElementsByClassName("perk_border")[0].click();
document.getElementsByClassName("perk_border perk_border_g pr_gr")[0].click();
},2700);
u=setInterval(function()
{
document.getElementsByClassName("perk_border perk_border_y")[0].click();
},20000);
document.getElementsByClassName("perk_border")[0].onclick = function() { clicks.innerHTML += "1" };
document.getElementsByClassName("perk_border perk_border_g pr_gr")[0].onclick = function() { clicks.innerHTML += "2" };
document.getElementsByClassName("perk_border perk_border_y")[0].onclick = function() { clicks.innerHTML += "3" };
</script>