по идее надо использовать
var win_i = window.open();
тогда ко всем открытым окнам будет доступ через win_i
вместо i условно подставлять номер окна.
<script type="text/javascript">
var cWin;
function createWindow() {
cWin = window.open();
}
function changeWinUrl() {
cWin.location.href = 'javascript: alert(5);';
}
</script>
<form onsubmit="createWindow(); return false;">
<div>
<input type="button" onclick="changeWinUrl();"/>
<input type="submit" name="sa" />
</div>
</form>