animate(function(timePassed) {
var stringx = [];
var stringy = [];
var stringr = [];
var i = 1;
while (i<5) {
stringx[i]=window['circle00'+i].setAttributeNS(null, "cx" , X0 - timePassed*(X0 - window['X00'+i])/1000);
stringy[i]=window['circle00'+i].setAttributeNS(null, "cy" , Y0 - timePassed*(Y0 - window['Y00'+i])/1000);
stringr[i]=window['circle00'+i].setAttributeNS(null, "r" , 1 + timePassed*0.003);
stringx[i];
stringy[i];
stringr[i];
i++;
}
}, 1000);
если у вас переменные глобальные, попробуйте так.
а лучше создайте объект со свойствами вместо переменных.