[j0hnik]

animate(function(timePassed) {
   var stringx = [];
   var stringy = [];
   var stringr = [];
   var i = 1;
   while (i<5) {
      stringx[i]=window['circle00'+i].setAttributeNS(null, "cx" , X0 - timePassed*(X0 - window['X00'+i])/1000);
      stringy[i]=window['circle00'+i].setAttributeNS(null, "cy" , Y0 - timePassed*(Y0 - window['Y00'+i])/1000);
      stringr[i]=window['circle00'+i].setAttributeNS(null, "r" , 1 + timePassed*0.003);
      stringx[i];
      stringy[i];
      stringr[i];
      i++;
      }
}, 1000);

если у вас переменные глобальные, попробуйте так.
а лучше создайте объект со свойствами вместо переменных.