Ну если страница реально не меняется, то зачем заново запускать программу?
Выполнение скриптов не прерывается, если имеете в виду, что нужно что-то инициализировать, то поместите в...
document.addEventListener('swup:contentReplaced', function () {
/* Код JS для перезагрузки */
});
код инициализации