Берёте любой интерпретатор JavaScript, пакуете его в самораспаковывающийся архив вместе с нужным скриптом, указываете в свойствах архива команду, которую необходимо выполнить после распаковки -- получаем типа exe-файл. Какая задача -- такое решение.
Вариант 2, для истинных ценителей exe-файлов. Расковырять гугловский движок V8, он делает JIT-компиляцию скриптов, и переделать его на нужный лад
