Это просто цвет, rgba - red green blue alpha, в данном случае ключевое значение alpha - альфа канал - собственно прозрачность.
Всё сработало нормально: канвас очищается прозрачным. А то что потом всё засирается белым - это потому что вы плохо очищаете его после рисования.
P.S. Глянул поближе, так сполпинка на полную прозрачность не перепишешь, там многое основано на том, что чёрное перекрывает "лишнее" белое. Это определённо возможно, но займёт больше чем 5 минут, которые я готов вам на это выделить.
Как простой воркэраунд можно вообще не трогать js код, а добавмть в css:
canvas {
mix-blend-mode: lighten;
}
и всё заработает как вы хотите.)