PHP инклуд - это серверная часть, она выполняется на сервере и не может контролироваться JS, который выполняется на стороне пользователя.
См код, надеюсь всё понятно будет.
Это код на странице:
<a onMouseOver='change()' onMouseOut='chenge_back()'>Ссылка, на которую наводить</a>
<div id='changeble'>
<a href='http://site.ru/'>Главная</a>
</div>
Код в header
<script type="text/javascript">
function change()
{
var div = getElementById('changeble'); //находим элемент по его id
div.innerHTML = "<a href='http://url.ru/'>Новая ссылка</a>"; //изменяем содержимое элемента
}
function chenge_back()
{
var div = getElementById('changeble');
div.innerHTML = "<a href='http://site.ru/'>Главная</a>";
}
</script>
PS уважаемые гуру, просьба не ругаться и не писать о том, что это можно было сделать более емким кодом, одной функцией и т.д.... я написал специально максимально раскрыто, чтобы человеку было понятно.