[can3p]

у объекта table есть свойство tBodies, соответственно, через него можно удалить все строки

var tBodies = document.getElementById('mytable').tBodies;

for(var i = 0; i < tBodies.length; ++i)
{
    while(tBodies.length)
    {
        tBodies.deleteRow(0);
    }
}