[Маэстро]

Если писать через setTimeout, то дальнейшие операции не будут дожидаться окончания "цикла".

Я и говорю, что дальнейшие операции не будут ждать окончания цикла. Это цикл "должен дожидаться" чего-то (проверять условие) и по условию запускать следующее действие. Вот это действие и будет условно говоря ждать окончание цикла.
Показываю:
http://gigalit.com.ua/test/test2.htm

<div id="test" style="position:absolute; left:10px; top:80px; width:100px; height:100px; background-color:#8888FF"> </div>
<iframe id="frame1" name="frame1" style="position:absolute; left:0px; top:200px; width:100%; height:300px;"></iframe>
<a target="frame1" href=http://javascript.ru>qwerty</a><br>
<a target="frame1" href=http://ukr.net>zxcvbn</a>

<script type="text/javascript">
var xxx = 0;
function mama()
{
var o = document.getElementById('test');

xxx = xxx + 50;
if (xxx > 500)  xxx = 0;

o.style.left = xxx;
}

setInterval('mama()',500);
</script>