Есть такая тема:
	
	| Цитата: | 
	| В IE также является исключением ключевое атрибут for, для него используется свойство forHtml. | 
	
Соответственно, лучше использовать 
.setAttribute("for", "inputID")
Но я бы сделал так:
<body><script>
var input = document.createElement('input'),
    label = document.createElement('label')
input.type = 'checkbox'
label.innerHTML = 'checkbox'
document.body.appendChild(label)
label.appendChild(input)
input.checked = true
</script></body>