exec, спасибо, что навели на мысль!
При инициализации скрипта было прописано примерно так:
$(div).css({
'width': someWidth,
'height': someHeight,
'left': someLeft,
'bottom': someBottom,
'opacity': 1
});
Последний параметр ('opacity': 1) и приводит к такому результату!
Пока я не понимаю причины данного поведения.
UPD:
Fixed Position and Opacity Filter Bug in Internet Explorer