Разве не очевидно?
<script type="text/javascript" src="jquery.js"></script>
<script type="text/javascript" src="1.js"></script>
<script type="text/javascript" src="2.js"></script>
1.js:
$(document).ready(function() {
//код 1
});
2.js:
$(document).ready(function() {
//код 2
});