Что то плюсов нативного js вы мало увидели. Причем какие то загадочные.
Я например вообще не разделяю особенно понятия jquery и js. JS - это все, а jquery - просто некая помощь, обертка по программированию DHTML
Если, в качестве дальнейшего саморазвития, хотите вглубь копнуть, можете посмотреть как
данный фреймворк сделан. Будет проще чем с jq. Можете extJS начать изучать, но он больше не для сайтов, а для web-приложений. Бывает востребован.