[Matre]

В cookie можно записать только строку.
Записывайте свой массив, разделяя его такими символами, которые не встречаются в ключах и значениях самого массива.
Например, так:

function toString(O) {
	var R = "";
	for (var I in O)
		if (O.hasOwnProperty(I))
			R += "@KEY" + I + "IS=" + O[I];
	return R;
}
toString({ a : 0, b : 1 }); // @KEYaIS=0@KEYbIS=1

Такую строку уже можно привести обратно к массиву:

function toObject(S) {
	var R = {};
	S = S.split(/@KEY|IS=/g);
	for (var i = 0; i < S.length; i++)
		R[i] = S[++i];
	return R;
}
toObject("@KEYaIS=0@KEYbIS=1"); // { a : 0, b : 1 }