Посмотрите app.json в KitchenSink, там есть куча комментариев, описывающих разные опции в секции "js" и пример именно того, что вам нужно:
"js": [
    	{
            "path": "lib/prettify/prettify.js",
            "includeInBundle": true
    	},
        {
            "path": "app.js",
            "bundle": true
        }
    ],