Посмотрите app.json в KitchenSink, там есть куча комментариев, описывающих разные опции в секции "js" и пример именно того, что вам нужно:
"js": [
{
"path": "lib/prettify/prettify.js",
"includeInBundle": true
},
{
"path": "app.js",
"bundle": true
}
],