Не весь скрипт а вся функция, ты имеешь ввиду.
Но ведь переменная а у тебя за пределами функции. Ты ее изменяешь и выводишь алертом.
Если бы ты делал так
a = 0 ;//это глобальная переменная
$('#test').click(function(){var myvar =a + 1; alert(a});//'этот код отрабатывает заново при каждом срабатывании
В таком случае результат будет всегда равен 1,пока ты ее не изменишь.