Xamelion,
css селекторы воспринимают точку как начало названия класса, поэтому
$('#free.free') будет искать элемент с id='free' class='free'.
Так что надо менять.
Например, так, если не можете поменять на сервере (???):
<div id='free.free'></div>
<script>
var item = document.getElementById('free.free');
item.id = item.id.replace(/\./g,'_');
alert(item.id);
</script>