А что у Вас внутри флэш? Какая-то анимация? Рекламный видеоролик? Или целый фильм, который запускается сразу автостартом?
Я так понимаю, что HTML-код Вашего сайта небольшой и грузится быстро, а вся проблема в флэш-контенте. Тогда теоретически надо отслеживать событие загрузки контента в Player. Только это звучит несколько странно, если контент-видеофильм
Похожую задачу я решал в недалёком прошлом. При открытии сайта производилась засечка времени на клиенте, потом отсылка порции случайных чисел (10 К), затем засечка времени окончания загрузки этого массива. По этим временным меткам в принципе определялась скорость интернет-канала связи и выдавалось сообщение сколько времени (приблизительно) будет грузиться весь сайт (прогноз). Поток контрольных данных должен быть каждый раз случайным, также как и имя вызываемого скрипта (чтобы не кэшировалось на proxy).
Скажу откровенно, что со временем этот способ стал давать результаты с большим разбросом. Проявилось это у пользователей мобильного интернета, у которых скорость связи может меняться от 1 до 100 килобайт в секунду в течение небольшого промежутка времени.