Можно так:
<script type="text/javascript">
function date(a, b){
var date = /^(\d{2})[\.](\d{2})[\.](\d{4})/;
a = a.replace(date,"$3$2$1");
b = b.replace(date,"$3$2$1");
return a>b ? 1 : -1;
}
array = ['05.10.2001', '08.10.2001', '01.10.2001', '03.10.2001'];
array.sort(date);
document.write('Наиболее ранняя дата: ' + array[0]);
</script>