setTimeout - не рекурсия
isRunning - переменная, которая хранится в функции

x-yuri,
а я-то думал - это возможности javascript :)

function foo(){
code
setTimeout("foo()",1000);
}

Я знаю, что setTimeout не рекурсия, но разве код выше не рекурсия?

нет, потому что foo вызывается через 1 сек (да в любом случае, после завершения предыдущего выполения) с пустым стеком вызовов

Что за стек? Раньше не слышал. можно объяснить, пример набросать или ссылкой кинуть?

стек вызовов функций, есть в любом отладчике
суть в том, что foo не вызывает сама себя, начиная со второго раза ее вызывает система (браузер)
а первый вызов происходит как результат возникновения события, либо из обработчика вызывается (не знаю как у тебя реализовано)