Спасибо всем. Поставил на див с id
three z-index, перенёс событие onmouseup на элемент
two, поменял позиционирование элементов
three и
four на абсолютное (переписав стили) и всё заработало. Немного подвисает, но для первого тестового окна сойдёт)
<html>
<head>
<title>Messagebox</title>
<script>
function close_window(){
document.getElementById('three').style.display="none";
document.getElementById('four').style.display="none";
document.getElementById('two').style.display="none";
}
function stop(){
document.getElementById('one').style.display='none';
}
</script>
<style>
body{
background:#FFFFFF;
}
#one{
z-index:1;
display:none;
position:fixed;
height:99%;
width:99%;
}
#two{
position:fixed;
height:150px;
width:250px;
background: -webkit-linear-gradient(right top, #5D5D5D 10%, #0D0E19 100%);
background: -moz-linear-gradient(right top, #5D5D5D 10%, #0D0E19 100%);
background: linear-gradient(right top, #5D5D5D 10%, #0D0E19 100%);
background: -o-linear-gradient(right top, #5D5D5D 10%, #0D0E19 100%);
background: -ms-linear-gradient(right top, #5D5D5D 10%, #0D0E19 100%);
border-radius: 15 15 15 43;
}
#three{
position:absolute;
z-index:10;
border-radius: 15 15 0 0;
top:-15px;
width:100%;
height:100%;
}
#four{
position:absolute;
background: -webkit-linear-gradient(right top, #5D5D5D 10%, #0D0E19 100%);
background: -moz-linear-gradient(right top, #5D5D5D 10%, #0D0E19 100%);
background: linear-gradient(right top, #5D5D5D 10%, #0D0E19 100%);
background: -o-linear-gradient(right top, #5D5D5D 10%, #0D0E19 100%);
background: -ms-linear-gradient(right top, #5D5D5D 10%, #0D0E19 100%);
border: 3px ridge #6A6A6A;
border-radius: 0 0 15 43;
top:20px;
width:244px;
height:125px;
}
</style>
</head>
<body>
<div id="one" onmousemove="document.getElementById('two').style.left=x+(event.pageX-x1)+'px';document.getElementById('two').style.top=y+(event.pageY-y1)+'px'" onmouseup="stop()">
</div>
<div id="two" onmouseup="stop()" onmousedown="x=this.offsetLeft;y=this.offsetTop;x1=event.pageX;y1=event.pageY;document.getElementById('one').style.display='inline';">
<div id="three">
<center><p>Window <button style="background:transparent;border: none;" onclick="close_window()">X</button></p></center>
</div>
<div id="four">
<p>This is some text</p>
</div>
</div>
</body>
</html>