Можно ли по событию onclick запустить 2 функции?
 

Например, вот так:

<span onclick='Function1(); Function2()'>test</span>

По отдельности обе работают, вместе вторая по счёту выдаёт ошибки. Если поменять их местами, то перестаёт работать та, что стоит 2-й. Я что-то делаю не так?

смотрите код самих функций
ничто не мешает использовать две функции в одном обработчике

Да, ещё забыл добавить. Они живут в разных .js файлах. Это может как-то влиять? По отдельности всё работает "на ура". Стоит только вынести вторую в такой же <span > и всё ок.

Может, если какой-то файл ещё не подгрузился и функция не определена.

И ещё может, если изменяются одни и теже глобальные объектыпричём в разнобой, а от их анализа зависит работа скрипта

А еще может то что в функции2 есть ошибка. если парсер встречает ошибку то все что должно обрабатываться после не работает. т.е. обрывается все в функции onclick

Полностью согласен, список неприятностей может быть большим, но...
автор указал, что ПО ОТДЕЛЬНОСТИ каждый работает ОК! А это означает, что к самому коду вроде претезий нет.....

а как такое может быть? и вообще чего мы гадаем. функции в студию.... телепаты в отпуске =)

может обернуть?

<span onclick='function(){ Function1(); Function2(); }'>test</span>

Вы тут обёртку вызвать забыли.