А что нужно пометить в файле .gitignore в данном случае?

таки пошел пока именно таким путем.
Сделал в общей папке проекта папку "DEV" с отдельным проектом ExtJs(можно с помощью CMD или с помощью Вебшторма+плагина)
В итоге все работает из веб сервера основного проекта и из под сенчи(можно cmd watch запустить).

Правда я cmd watch не запускаю - жрет памяти нереально. поэтому после изменений делаю sencha app build development и работаю дальше.

Пока вроде так. production build будет уже в нужные папки всего проекта.

Если я правильно понял исходный вопрос, то вас не устраивал размер получавшегося репозитория, т.к. в workspace попадали директории с фреймворком, пакетами, etc. Вот их и можно включить в .gitignore, чтобы исключить из репозитория.

Я видел разные варианты организации репозиториев, в т.ч. когда используются Git submodule для хранения директории с Ext JS. В Subversion можно использовать vendor drop, ну и т.д. Я думаю, в каждой системе RCS есть свои инструменты для решения этой очень распространённой задачи.

Эту команду имеет смысл запускать, если вы добавили/удалили классы в JavaScript или внесли изменения в SASS. Если просто изменяете уже существующий код JavaScript без изменения списка зависимостей, то запускать app build смысла нет.

Если добавили или удалили классы без изменений в SASS, можно запустить sencha app refresh для пересборки дерева зависимостей.

Да. именно так и использую