Вообще-то для таких объёмов существуют БД и серверные языки... :) Т.ч. не клиентское это дело...

Просто инфа именно в xml. Если я правильно понял то на js проблематично делать запись в файл?

Да. Если у вас есть информация объёмом в 16 тысяч xml-файлов, и вам нужно все эти файлы отредактировать, то посмотрите в сторону php. У него есть средства для работы с xml-файлами, и он позволяет их считывать и записывать. Javascript, который вы имеете в виду (браузерный), этого делать не позволяет.

Она запросто закачается в любую БД...

Если нужно всего один раз и не хочется заморачиваться, то можно и одним яваскриптом обойтись, смотреть в сторону HTA.

Т.е. написать на серверном скрипте, который может изначально работать с файлами и данными, сложнее? :D Или дольше?