я делаю так:
$(...).css('opacity', 0.5);
$(...).animate('opacity', 1);
более широкие настройки можно использовать
или так:
$(...).css({opacity: 0.5, display: 'none'});
$(...).css(display, 'block').animate('opacity', 1);
расстановка правил может быть беспорядочна, так как все правила к элементу действуют одновременно. Порядок расстановки влияет лишь на селекторы CSS...