sanchous1,
Если можно установить margin-top через 
.animate, значит и получить его можно - через 
.css.
Посмотреть
$('#button').click(function() {
	var marg = parseInt($('#container_scr').css('marginTop'), 10);
	if (marg < 500) {
		$('#container_scr').animate({marginTop: '+=50px'}, 500);
	}
});