дело в том, что в ie есть bug, при добавлении link с помощью innerHTML. Обходиться так:
el.innerHTML = 'text<link type="text/css" rel="stylesheet" href="...css">';
jQuery еще почему-то link в div оборачивает
как добавить link с помощью createElement и атрибутов/свойств я не нашел
prototype этот bug не исправляет, пробовал так
$$('head')[0].insert('<link type="text/css" rel="stylesheet" href="40.css" />');
https://prototype.lighthouseapp.com/...-html-literals
в mootools аналогично
new Element('div').set('html', '<link type="text/css" rel="stylesheet" href="40.css" />').childNodes.length
выдает 0