Лень разбираться с этим gulpjs, раз у вас nodejs на сервере, значит можно написать что-нибудь типа такого:
var fs = require("fs"),
css = "<style>" + fs.readFileSync("main.css") + "</style>",
html = "<div>" + fs.readFileSync("main.html") + "</div>",
js = "<script>" + fs.readFileSync("main.js") + "</script>";
fs.writeFileSync("index.html", css + html + js, "utf8");