Вряд ли ошибка в этом, но все же попробуйте так:
<script>
var retVal;
function confNum()
{
var sDate = $('#startDate').val();
var eDate = $('#endDate').val();
$.get("test2.php",{sDate:sDate, eDate:eDate}, onAjaxSuccess);
function onAjaxSuccess(data)
{
alert(data);
retVal = data.split("_");
for(var i = 0; i < retVal.length; i++) alert(retVal[i]);
}
}
</script>
<script>
var b=retVal[1];
document.write (b);
</script>