GrizzlyBear,
У вас i не определена вначале:
time = new Date()
t = ( time.getSeconds() )%5;
if ( t == 0 ) i = 0;
if ( t == 1 ) i = 1;
if ( t == 2 ) i = 2;
if ( t == 3 ) i = 3;
if ( t == 4 ) i = 4;
var message = document.getElementById('ms'+i)
document.write('ms'+i);
message.style.display = 'block';
}