Тогда в функцию нужно передать ту подстроку, которая может изменяться.
function play(name)
{
var div=document.getElementById('Result');
div.style.display=(div.style.display=='none') ? '' : 'none';
div.innerHTML='<center><object id="player" type="application/x-shockwave-flash" data="http://flv-mp3.com/i/pic/ump3player_500x70.swf" height="45" width="300"><param name="wmode" value="transparent" /><param name="allowFullScreen" value="true" /><param name="allowScriptAccess" value="always" /><param name="movie" value="http://flv-mp3.com/i/pic/ump3player_500x70.swf" /><param id="line" name="FlashVars" value="way='+name+'&swf=http://flv-mp3.com/i/pic/ump3player_500x70.swf&w=250&h=37&time_seconds=0&autoplay=1&q=&skin=white&volume=70&comment=" /></object></center> ';
}
<a class='link' OnClick='play("music1.mp3");'>Play1</a><br>
<a class='link' OnClick='play("music2.mp3");'>Play2</a><br>
<a class='link' OnClick='play("music3.mp3");'>Play3</a><br>
Я никогда не работал с флеш-роликами на веб-странице и не знаю, есть ли лучше способ проиграть ролик сначала с новыми параметрами, чем создавать элемент <object> заново.