как получить доступ к найденному элементу?
 

var s = document.body.innerHTML.search("Element");

можно ли как-то добраться к найденному и изменить его цвет, например, или размер букв?

Vampir3,
:) Приведите примерный кусок HTML кода страницы с искомым - ибо Ваша конструкция надуманная

нет, ибо код возвращает строку, а не элемент.

Что ещё за "Element" и чего вы от него хотите?
Есть стойкое ощущуение, что вы делаете что-то через задницу.

Почему-же, через анальное отверстие и с помощью кувалды:

document.body.innerHTML = document.body.innerHTML.replace("Element",'<b>Element</b>');

надо так

var elems=document.body.getElementsByTagName('Element');
elems[0].style.color='red';//поменяли цвет

:lol: мэдскиллз'у все бредовые мысли покорны.

В чём причина?
Если потеря обработчиков не принципиальна (или их вообще нет), так можно подправить содержимое какого-нибудь элемента, или из-за скорости и быстрее так elem.innerHTML = '<b>' + elem.innerHTML;

Ты для меня умер как программист.

ха-ха, я для тебя и не рождался как программист (и вообще не рождался как программист)

Или из-за этого
http://javascript.ru/String/replace
я предполагаю сборщик справится, а метод работает

click
<script>
document.body.onclick = function () {
	document.body.innerHTML = document.body.innerHTML.replace("click",'<b>click</b>');
	alert(document.body.innerHTML);
}
</script>