Читайте учебник на этом сайте:
http://learn.javacript.ru, он вас научит правильному и современному javascript.
Ответ же на вопрос: если в интервал или таймаут передаётся строка, то оная eval'ится в глобальной области видимости, где, естесно, никакой secondFunction не существует.
Надо делать так:
setInterval(secondFunction,5000);
передавая в интервал нужную функцию напрямую.
Если же требуется указать параметры - можно создать анонимную обёртку:
setInterval(function(){
secondFunction( 123 )
},5000);