Проблема отчасти прояснилась...
Структура страницы, на которой находится этот фрейм следующая:
<div class="container">
<div class="row">
<div class="span3"></div>
<div class="span6"><iframe ...></iframe></div>
<div class="span3"></div>
</div>
</div>
Все классы span берутся из bootstrap и имеют float. После отключения float для span6 все выстроилось обратно... Хотя пока непонятно, почему все же рухнула структура только в IE...
ЗЫ А еще при отключении margin для span6 тоже все встало на место...
Хрен поймешь это исчадие MS - если отключаю указанные свойства через скрипт, то нифига это не сказывается... После открытия отладчика страница ведет себя совершенно нормально - ничего не дергается, ничего не изменяется произвольно...