что-то по типу:
preg_replace('/[\r\n\t;}{](console\.(log|debug|info|warn|error|assert|dir|dirxmltrace|group|groupEnd|time|timeEnd|profile|profileEnd|count)\(.*\)[\r\n\t;}{])/','\\$0','JS-код');
код не проверялся, но суть примерно такая
и естественно он не предусматривает абсолютно всех возможных вариантов написания JS-кода вами, или кем-либо другим