Переходите уже на новые стандарты 

ES7:
let number = +(prompt("Введите число."));
alert([1, 2, 3].includes(number));
Полифилл:
if (![].includes) {
  Array.prototype.includes = function(searchElement/*, fromIndex*/) {
    if (this === undefined || this === null) {
      throw new TypeError('Cannot convert this value to object');
    }
    var O = Object(this);
    var len = parseInt(O.length) || 0;
    if (len === 0) {
      return false;
    }
    var n = parseInt(arguments[1]) || 0;
    var k;
    if (n >= 0) {
      k = n;
    } else {
      k = len + n;
      if (k < 0) k = 0;
    }
    while (k < len) {
      var currentElement = O[k];
      if (searchElement === currentElement ||
         (searchElement !== searchElement && currentElement !== currentElement)) {
        return true;
      }
      k++;
    }
    return false;
  }
}
---
Крутой, чем твой вариант лучше "~[1, 2, 3].indexOf(number)"?