Написала так. Если поставить number+=2, тогда не выводит 2, но выводит 1 несмотря на то, что i = 2 
function printPrime(limit) {
	
	var	result = [],
		isPrime = false,
		number = 1,
		checkNumber = Math.floor(Math.sqrt(limit));
		console.log(checkNumber);
	
	for (number; number < limit; number+=2) {
		for (i = 2; i <= checkNumber; i++) {
			if(number%i == 0 && number != i) {
				isPrime = false;
				break;
			} else {
				isPrime = true;
			}
		}	
	
		if (isPrime) {
			result.push(number);
		}
	}
console.log(result);
	
}
	
$('#calculate').click(printPrime(500));