Абсолютно любой объект в JavaScript имеет свойство __proto__. Это скрытое системное свойство, и не во всех реализациях языка оно доступно пользователю.
Цитата:
__proto__ любого значения (кроме null и undefined) ссылается на prototype соответствующего ему типу данных:
При выполнении new Object, создаваемому объекту ставится __proto__ по prototype конструктора, который в данном случае равен встроенному Object.prototype.