Jack,
<textarea id="k" name="" rows="12" cols="45">кеуцкеsadfasdf
куецукеsdfsadf
еуцкецукеfasdf
// Какое-то писание команды
ComandLine 12 34 56 789;
кfadsasdfуцецуке
цasdfasdfукеуцке
// Описание другой команды !"№;%:?*()
// которое уместилось в 2 строки
ComandLine
123456;
dfgdf";:? ((hg98d f3hjгрва89 384
usgdfjsb532 354 23j
ComandLine
33;
54 dfg dsfg 6hdfgh
</textarea>
<script>
var line = "45346", reg = /^\s*(\/\/[\S\s]*?$|ComandLine[\S\s]*?;)/gm;
k.value = k.value.match(reg).join("\n")||k.value
</script>