Создал вопрос на гитхабе, но уже два дня не отвеают. 
https://github.com/systemjs/builder/issues/334
Дерьмовый саппорт, откровенно говоря. Но я не об этом.
Использую плагин text для SystemJS.
import gTemplate from '../templates/g.html!text'
Работает отлично, но приложение не хочет компилиться.
[Error: Unable to calculate canonical name to bundle file:///home/finom/.../templates/g.html]
Текст плагина (это официальный плагин от SystemJS)
/*
  Text plugin
*/
exports.translate = function(load) {
  return 'module.exports = "' + load.source
    .replace(/(["\\])/g, '\\$1')
    .replace(/[\f]/g, "\\f")
    .replace(/[\b]/g, "\\b")
    .replace(/[\n]/g, "\\n")
    .replace(/[\t]/g, "\\t")
    .replace(/[\r]/g, "\\r")
    .replace(/[\u2028]/g, "\\u2028")
    .replace(/[\u2029]/g, "\\u2029")
  + '";';
}
Кусок используемого gulpfile:
gulp.task('build', function(cb) {
	var path = require("path");
	var Builder = require('systemjs-builder');
	var builder = new Builder();
	builder.loadConfig('src/config.js').then(function() {
		builder.buildStatic('app.js', 'dist/js/app.js')
			.then(function() {
				console.log('Build complete');
				cb();
			})
			.catch(function(err) {
				console.log('Build error');
				console.log(err);
				cb();
			});
	}).catch(function(e) {
		console.error(e);
	})
});