Deff, если после надо что бы окно опять на онклик закрывалось?придется ведь опять биндить, я бы попробовал так сделать:
$("div#cover").bind('click',function(){
zIndex_fon = $(this).css('zIndex'); // zIndex - фона
zIndex_mod = $('#modal-window').css('zIndex'); // zIndex - модальное окно
if(zIndex_fon < zIndex_mod){ // т.е. окно будет закрываться только, если фон будет позади модального окна
// тут код закрывающий окно
}
});