Решение находится в самой формулировке — перебрать все дивы, и взять тот, у которого .style.zIndex максимальный.
Но, мне кажется, Вы как-то неверно решаете задачу, содержимое документа не должно оказываться для программиста «темным лесом» с проблематичной выборкой нужного элемента. (…только если Вы не пишете юзерскрипт, тогда это дело более обычное
)
Расскажите, чего Вы хотите добиться, и используете ли яваскриптовые фреймворки, и я постараюсь дать Вам более конкретный совет.