Что в вашем понимании действия пользователя? Движения мышкой - действия?
UPD
Прошу прощения, читать разучился
Повесить слушатель клика на document, если event.target в обработчике - гиперссылка - заводить таймер
document.addEventListener("click", function (e) {
if (e.target.nodeName.toLowerCase() === "a") {
//runMyAwesomeTimer();
}
}, false);