Ну в функции click() судя по всему и происходит открытие окна. Созраняйте там в массив, например win[i] ссылку на открытое окно, и соответственно закрыть будет тоже легко, win[i].close();
потому что win в вашем случае - это ссылка на document.links [0].click ();
если бы метод click(); возвращал ссылку на объект window, то тогда бы сработало. А так не известно что он возвращает (это нужно Вам уже смотреть), поэтому и ошибка.