Был у меня такой косяк. В F и Opere работало отлично, а в IE глючило.
Долго не могу понять причину. После долгих мучений обнаружил, что если убрать все комменты из javascript, то всё нормально работает.
Оказалось всё дело в кодировке.
Сайт был в кодировке utf-8. Скрипты в windows-1251. Комментарии на русском. Поэтому код вида
// Бла-бла-бла
var obj = new Object();
Резался в конце строки и получалось
// Бла-бла-блаvar obj = new Object();
из-за чего obj не определялось и получалось ошибка.
Может и у вас нечто подобное?
P.S. Кстати, не любой комментарий вызывал такие фатальные последствия. Т.е. всё зависило от последней буквы комментария.