1. Не останавливает.
2. Остановить - никак. Можно заставить браузер заняться какими-нибудь другими делами некоторое время, например погонять бесконечный цикл.
function twiddle(time){
var start = new Date;
while(new Date - time < start);
}
alert('Hi!');
twiddle(5000);
alert('5s passed');
Но это ужасное решение (оно грузит систему), поэтому если Вам нужно выполнить какое-то действие через определенный промежуток времени, используйте тот самый setInterval.
Чтиво по теме.